Langsung ke konten utama

Bikin Molekul, Protein, dan Larutan di Laptop

Make Molecules, Proteins, and Solvent in Computer

Kimia Komputasi/Computational Chemistry/Molecular Chemistry/Biophysics Chemistry


Siapa kira kamu bisa mengawinkan antara realita dan maya? Mungkin eksperimental secara realita seperti menyampurkan kedua buah larutan dan melarutkan suatu senyawa dalam air, dikawinkan dengan teknologi sudah menjadi hal yang biasa. Alat-alat seperti mixer, blender, atau magnetic stirrer adalah hasil dari perpaduan antara realita dan teknologi. Bagaimana jika eksperimental dipadukan dengan dunia maya? Menggabungkan antara air dan susu tapi dengan bantuan komputer? Atau se-ekstrim melarutkan bahan yang radioaktif dengan pelarut? Sehingga kita tidak perlu 'benar-benar' melarutkan bahan radioaktif tersebut, dan kita aman dari efek samping radioaktifnya. Ya, fenomena yang dimulai dari abad ke 20 itu bernama Kimia Komputasi.




Mungkin kamu sekarang tidak begitu asing dengan istilah 'AI' atau Artificial Intelligent. Maka, kimia komputasi ini berkaitan erat dengan AI. Dengan bantuan AI, kita tak perlu 'benar-benar' melakukan eksperimental secara nyata. Namun, bukan berarti kimia komputasi ini bisa berlagak tanpa kendali. Perlakuan AI ini berdasarkan pada data-data eksperimental nyata sebelumnya. Misal, telah ada penelitian yang menghasilkan data bahwa air dan minyak tidak bisa bersatu, maka pada program kimia komputasi, apabila kamu 'melarutkan' air dan minyak, mereka tidak akan bersatu -dalam kondisi tertentu. Jadi, dry experiment tidak bisa melangkah sendiri, pun dengan wet experiment. Wet experiment dan dry experiment harus saling bergandengan tangan untuk mewujudkan penelitian yang terbarukan.

Ada beberapa banyak program yang bisa kita gunakan untuk melakukan komputasi. Yang paling sering digunakan banyak orang adalah GROMACS. Aku pribadi tidak menggunakan GROMACS, namun turunannya. Turunan GROMACS yang aku gunakan adalah program Nanoscale Molecular Dynamics (NAMD) oleh kelompok peneliti Universitas Illinois Urbana-Campaign. Berbeda dengan program yang digunakan teman-teman angkatanku yang sama-sama kimia komputasi, mereka harus menggunakan server yang sama, sehingga terkadang mereka harus di dekat kampus untuk menjalankan program atau melakukan penelitian tersebut. Aku dan teman satu bimbinganku menggunakan NAMD, dan bisa dioperasikan dari laptop pribadi di rumah tanpa terkendala jaringan atau server (sistem yang digunakan secara luring/offline).

Perlu diketahui bahwa pemilihan program kimia komputasi itu sesuai dengan kebutuhan penelitian kalian yaa!

Setelah teman-teman memiliki program kimia komputasi, kalian harus menyiapkan cukup ruang di komputer atau laptop kalian. Hal ini karena program seperti ini membutuhkan 'tempat' untuk meletakkan beberapa data utama maupun 'sampah' dari data kalian. Data yang kumaksud disini adalah projek penelitian kalian yang menyangkup data molekul, pelarut, energi, dll ya. Kalau ruang komputer tidak begitu banyak, nanti disaat running atau melakukan simulasi molekular, proses pengerjaannya akan cenderung lebih lama (bisa hampir 1 hari penuh). Maka dari itu aku sarankan untuk memiliki ruang yang cukup luas di komputer.

Setelah ruang yang cukup, mungkin selanjutnya adalah perbanyak membaca jurnal terkait kimia komputasi dan projek penelitian kalian. Mungkin di awal akan cenderung bingung dan gak ngerti karena bahasanya complicated atau bahkan terlalu banyak data dibandingkan penjelasan-penjelasannya... but, it's okay. You can do it! Lama kelamaan juga akan paham, insyaAllah. Dan yang terakhir, yang paling penting adalah mencobanya. Kimia komputasi itu soal mencoba dan bereksperimen sendiri terlebih dahulu. Tidak se-ngeri wet experiment yang harus memperhatikan beberapa protokol laboratorium, kunci dari melakukan dry experiment justru adalah membuat kesalahan, semakin banyak mencoba, dan akhirnya menjadi terbiasa.

Oke, mungkin itu dulu bahasan tentang Kimia Komputasi secara sederhana. Next time teman-teman mungkin bisa komentar di bawah, apakah aku harus bahas lebih mendetail terkait Kimia Komputasi ini dengan program yang aku jalankan atau tidak? Pokoknya aku butuh pendapat kalian!


See ya!

Komentar

Posting Komentar

Postingan populer dari blog ini

Kapsul Dibuat dari Limbah Tulang Ayam, Bisa?

Bismillaah. Assalamualaikum warahmatullahi wabarakatuh. Selamat hari Senin! Hari ini aku ingin diskusi soal beberapa kemungkinan pembuatan kapsul dari limbah tulang ayam. Sebenarnya bisa nggak sih? Terus, kalau ditambahkan dengan senyawa lain yg berfungsi sebagai obat (seperti vitamin C, dll.) apakah tetap bisa dikonsumsi? Yuk, kita bedah bareng-bareng. Kapsul Dibuat dari Limbah Tulang Ayam, Bisa? Kemungkinan Pembuatan Kapsul Gel sekaligus Memberdayakan Daerah NTB Seperti yang kalian tahu, sebenarnya banyak banget di luar sana senyawa-senyawa yang mampu menyembuhkan kita atau setidaknya memberikan dampak positif bagi kita. Tapi, sayang bangeeett karena walaupun tinggi khasiat yang ditawarkan beberapa antioksidan, banyak yang memiliki sifat tidak stabil terhadap cahaya, suhu, dan perubahan pH seperti kurkuminoid (Tensiska, Nurhadi and Isfron, 2012; Jayuska and Rahmalia, 2019). Oleh karena itu, perlu dilakukan penyalutan (enkapsulasi) agar senyawa antioksidan tersebut memiliki umur simpa...
Posting Komentar
Baca selengkapnya

Menjadi Mahasiswa S1 Kimia ((murni)), Bikin Bom??

Menjadi Mahasiswa S1 Kimia ((murni)) Bikin Bom????   Hei! Helloo Kenalin aku Hanna, pemilik blogspot ini. Mungkin kalau kalian pembaca baru, kalian belum tahu aku adalah mahasiswa S1 jurusan Kimia (( murni )) di salah satu universitas negeri.  You can check my linkedin or researchgate  ;) Bukan tentang aku kali ini yang ingin ku bahas, tapi tentang perkuliahanku. Yup,  chemistry !  Studying chemistry in Indonesia . Perlu kalian ketahui sebelumnya, bahwa Kimia itu luas. LUAS BANGET. Literally luas. Kimia bisa diaplikasikan di bidang manapun.  Even   though the chemistry itself can't be implemented on Social, Accounting, and Law field,  the basic mindset  after studying chemistry can be implemented on them . Mungkin beberapa orang berpikir aku terlalu bangga karena belajar kimia (sebenernya ya itu jg gak salah sih wkkw) sampai bisa mengeluarkan penyataan tersebut. Tapi, realitanya memang seperti itu.  So, let's see  apa saja yg dipela...
Posting Komentar
Baca selengkapnya

Step Up The Game: Kimia Komputasi untuk Industri

Semakin berkembangnya zaman, semakin sering kita mengandalkan komputer atau smartphone untuk memudahkan pekerjaan maupun aktivitas kita. Terasa hampa jika tak mengantongi handphone, kata orang. Bahkan, secara tidak langsung AI sudah sangat "hidup" di sekitar kita. Lalu, bagaimana jika kita meminta tolong bantuan AI untuk memudahkan proses formulasi produk di industri yang ada di Indonesia sehingga kita tidak perlu terlalu banyak membeli dan membuang solvent karena kesalahan saat proses formulasi produk? Jawabannya: bisa dan sangat memungkinkan. Simulasi kimia komputasi dapat dilakukan dengan spesifikasi komputer atau laptop standar tanpa perlu membuat server, walau lebih optimal dan lebih cepat waktu simulasinya apabila ada server pusat. Salah satu contoh simulasi yang sangat terjangkau tersebut ada pada project yang pernah saya teliti, yakni enkapsulasi vitamin C dan beta karoten menggunakan fosfolipida 1,2-Dilauroyl-sn-glycero-3-phosphoserine (DLPS); 1,2-Dioleoyl-sn-glycero...
Posting Komentar
Baca selengkapnya