Make Molecules, Proteins, and Solvent in Computer
Kimia Komputasi/Computational Chemistry/Molecular Chemistry/Biophysics Chemistry
Siapa kira kamu bisa mengawinkan antara realita dan maya? Mungkin eksperimental secara realita seperti menyampurkan kedua buah larutan dan melarutkan suatu senyawa dalam air, dikawinkan dengan teknologi sudah menjadi hal yang biasa. Alat-alat seperti mixer, blender, atau magnetic stirrer adalah hasil dari perpaduan antara realita dan teknologi. Bagaimana jika eksperimental dipadukan dengan dunia maya? Menggabungkan antara air dan susu tapi dengan bantuan komputer? Atau se-ekstrim melarutkan bahan yang radioaktif dengan pelarut? Sehingga kita tidak perlu 'benar-benar' melarutkan bahan radioaktif tersebut, dan kita aman dari efek samping radioaktifnya. Ya, fenomena yang dimulai dari abad ke 20 itu bernama Kimia Komputasi.
Mungkin kamu sekarang tidak begitu asing dengan istilah 'AI' atau Artificial Intelligent. Maka, kimia komputasi ini berkaitan erat dengan AI. Dengan bantuan AI, kita tak perlu 'benar-benar' melakukan eksperimental secara nyata. Namun, bukan berarti kimia komputasi ini bisa berlagak tanpa kendali. Perlakuan AI ini berdasarkan pada data-data eksperimental nyata sebelumnya. Misal, telah ada penelitian yang menghasilkan data bahwa air dan minyak tidak bisa bersatu, maka pada program kimia komputasi, apabila kamu 'melarutkan' air dan minyak, mereka tidak akan bersatu -dalam kondisi tertentu. Jadi, dry experiment tidak bisa melangkah sendiri, pun dengan wet experiment. Wet experiment dan dry experiment harus saling bergandengan tangan untuk mewujudkan penelitian yang terbarukan.
Ada beberapa banyak program yang bisa kita gunakan untuk melakukan komputasi. Yang paling sering digunakan banyak orang adalah GROMACS. Aku pribadi tidak menggunakan GROMACS, namun turunannya. Turunan GROMACS yang aku gunakan adalah program Nanoscale Molecular Dynamics (NAMD) oleh kelompok peneliti Universitas Illinois Urbana-Campaign. Berbeda dengan program yang digunakan teman-teman angkatanku yang sama-sama kimia komputasi, mereka harus menggunakan server yang sama, sehingga terkadang mereka harus di dekat kampus untuk menjalankan program atau melakukan penelitian tersebut. Aku dan teman satu bimbinganku menggunakan NAMD, dan bisa dioperasikan dari laptop pribadi di rumah tanpa terkendala jaringan atau server (sistem yang digunakan secara luring/offline).
Perlu diketahui bahwa pemilihan program kimia komputasi itu sesuai dengan kebutuhan penelitian kalian yaa!
Setelah teman-teman memiliki program kimia komputasi, kalian harus menyiapkan cukup ruang di komputer atau laptop kalian. Hal ini karena program seperti ini membutuhkan 'tempat' untuk meletakkan beberapa data utama maupun 'sampah' dari data kalian. Data yang kumaksud disini adalah projek penelitian kalian yang menyangkup data molekul, pelarut, energi, dll ya. Kalau ruang komputer tidak begitu banyak, nanti disaat running atau melakukan simulasi molekular, proses pengerjaannya akan cenderung lebih lama (bisa hampir 1 hari penuh). Maka dari itu aku sarankan untuk memiliki ruang yang cukup luas di komputer.
Setelah ruang yang cukup, mungkin selanjutnya adalah perbanyak membaca jurnal terkait kimia komputasi dan projek penelitian kalian. Mungkin di awal akan cenderung bingung dan gak ngerti karena bahasanya complicated atau bahkan terlalu banyak data dibandingkan penjelasan-penjelasannya... but, it's okay. You can do it! Lama kelamaan juga akan paham, insyaAllah. Dan yang terakhir, yang paling penting adalah mencobanya. Kimia komputasi itu soal mencoba dan bereksperimen sendiri terlebih dahulu. Tidak se-ngeri wet experiment yang harus memperhatikan beberapa protokol laboratorium, kunci dari melakukan dry experiment justru adalah membuat kesalahan, semakin banyak mencoba, dan akhirnya menjadi terbiasa.
Oke, mungkin itu dulu bahasan tentang Kimia Komputasi secara sederhana. Next time teman-teman mungkin bisa komentar di bawah, apakah aku harus bahas lebih mendetail terkait Kimia Komputasi ini dengan program yang aku jalankan atau tidak? Pokoknya aku butuh pendapat kalian!
See ya!
Komentar
Posting Komentar